Downloads Extensions API Proposalを見るとchrome.experimental.downloadsとしてダウンロードのためのAPIが提案されています.
ファイル名や保存するディレクトリを指定しての保存ができるようになりそうなので楽しみです.
現在のところChromeでファイル名をURLと違うもので保存する方法はNPAPIプラグインを使ったり,外部サーバーと通信する方法しか思いつきません.
Chrome Web Store - Pixiv Downloaderはどのようにして実装してるんでしょうね?気になります.